超精密零件加工精度以納米，甚至最終以原子單位(原子晶格距離為0.1～0.2納米)為目標時，超精密零件切削加工方法已不能適應，需要借助特種精密零件加工的方法，即應用化學能、電化學能、熱能或電能等，使這些能量超越原子間的結合能，從而去除工件表面的部分原子間的附著、結合或晶格變形，以達到超精密加工的目的。屬于這類加工的有機械化學拋光、離子濺射和離子注入、電子束曝射、激光束加工、金屬蒸鍍和分子束外延等。這些超精密零件加工方法的特點是對表面層物質去除或添加的量可以作極細微的控制。但是要獲得超精密零件加工精度，仍有賴于精密的加工設備和精確的控制系統，并采用超精密掩膜作中介物。例如超大規模集成電路的制版就是采用電子束對掩膜上的光致抗蝕劑（見光刻）進行曝射，使光致抗蝕劑的原子在電子撞擊下直接聚合(或分解)，再用顯影劑把聚合過的或未聚合過的部分溶解掉，制成掩膜。電子束曝射制版需要采用工作臺定位精度高達±0.01微米的超精密加工設備。

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